Froan består av ca. 2.500 øyer, holmer og skjær, som ligger i en hovedstruktur i sørvestlig-nordøstlig retning og med en lengde på ca. 40 km. Området ligger sterkt eksponert på utsiden av Frohavet. Det er et kupert undersjøisk landskap med mye fjell og sva i grunne eksponerte områder og med dype renner og partier mellom øyer og skjær.
Enkelte steder er det dyp på mer enn 200m. I fordypninger og renner er det bløtbunn med sand, skjellsand og mudder avhengig av dyp og eksponeringsgrad, i de dypere partiene og bratte skråninger med hardbunn finnes det flere korallforekomster.
Det største korallrevet, Sularevet, ligger utenfor territorialgrensen. Froan har også store områder med rik tareskog, og grunne områder med bløtbunn og skjellsand. Det finnes også store forekomster med kamskjell i området. Flora og fauna er generelt rik, og området er særlig viktig for sjøfugl og marine pattedyr.